Mitte des 21. Jahrhunderts: Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) lebt in einer scheinbar utopischen jedoch abgeriegelten Anlage.

Wie alle Bewohner dieser sorgfältig kontrollierten Welt hofft auch Lincoln, auf "Die Insel" reisen zu dürfen – angeblich der letzte Ort auf der Erde, an dem die Umwelt noch intakt ist. Doch dann macht Lincoln eine schreckliche Entdeckung. Sein gesamtes Leben erweist sich als eine einzige Lüge – und eines wird klar: Tot ist er wertvoller als lebendig.

Mit der schönen Bewohnerin Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) wagt Lincoln die Flucht aus der Anlage in die Welt außerhalb, die er nie vorher gesehen hat. Die Sicherheitskräfte des Instituts, das sie bis dahin beherbergte, auf den Fersen, rennen Lincoln und Jordan um ihr Leben.