Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Die X-MEN, geboren mit einer einzigartigen genetischen Mutation, die ihnen außerordentliche Superkräfte verleiht. Die Augen von Cyclops können einen Energiestrahl aussenden, Jean Grey besitzt Fähigkeiten in Telepathie und Storm kann das Wetter manipulieren.

In einer mit Hass und Vorurteilen erfüllten Welt sind sie Ausgestoßene. Doch unter der Führung von Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) haben sie gelernt ihre Fähigkeiten zum Wohl der Menschheit einzusetzen. Gemeinsam kämpfen sie darum, eine Welt zu beschützen, die sie fürchtet. Sie stellen sich der gefährlichsten Bedrohung der menschlichen Zivilisation: Magneto (Ian McKellen), ein skrupelloser Mutant, der die Zukunft in seine Gewalt bringen will – auch wenn es das Ende bedeutet... der Menschheit... oder der Mutanten.